A ProtonMail bevezeti az elliptikus görbékre épülő kriptográfia (Elliptic Curve Cryptography – ECC) használatát az e-mail üzenetek titkosítása során. Mindez azért lényeges, mert jelenleg az ECC számít a legfejlettebb titkosítási eljárásnak, amely az eddig leggyakrabban használt RSA-hoz képest gyorsabb műveletvégzést tesz lehetővé, megegyező, vagy magasabb biztonság garantálása mellett. Az RSA algoritmus nagy hátránya ugyanis, hogy az ECC-vel ellentétben a számítási kapacitások ugrásszerű növekedésével a titkosítás biztonságát csak nagyobb prímszámok alkalmazásával képes garantálni, ami azonban a titkosítási művelet idejét növeli. A ProtonMail blogbejegyzésében részletes információ található arról, hogy a felhasználók hogyan állíthatják be az ECC titkosítást az e-mail fiókjukon, azonban fontos kiemelni, hogy a régi RSA kulcsot nem szabad törölni, mivel a még ezzel titkosított üzenetek ennek hiányában olvashatatlanok lesznek.